车辆 ECU 升级的缺点有很多，重要的有以下几点：

1. 4S 店会拒绝保修。这是因为 ECU 升级可能会导致车辆出现问题，而 4S 店的保修条款通常不包括改装后车辆的维修。

2. 过度改装可能会超出车辆的承受范围，损坏硬件。事实上，已经有很多车辆出现了变速器爆档、变速器爆裂、半轴被切断等问题，甚至有宝马 530 的自动挡波打滑的情况，这些都是因为过度改装导致的，车辆无法承受过大的扭矩。

3. 升级 ECU 后车辆从此没有保修，发动机工作负荷增加，使用寿命降低（相对而言），油耗略有增加。这是因为 ECU 升级会使发动机的负荷增加，使用寿命降低，同时油耗也会有所增加。

4. 刷 ECU 会破坏整车平衡。这是因为厂家在设计发动机性能时通常会考虑整车的平衡，如果单方面追求动力，就会破坏整车平衡，有可能会导致车辆损坏。