桑塔纳2000两轴变速器传动机构的结构比较复杂，需要进行逐一分析。首先，变速器的输入轴和输出轴平行布置。其中，输入轴不仅是整个离合器的从动轴，同时也是主要的齿轮传动轴之一；而输出轴则是主减速器的主动锥齿轮轴，可以通过齿轮传动输出动力。

其次，桑塔纳2000有五个前进档和一个倒档，这些档位都是通过锁环惯性同步器进行换挡。具体来说，输入轴上设置有一至五档主动齿轮，其中一、二档的主动齿轮与轴为一体，而三至五档主动齿轮则通过滚针轴承套装在轴上。此外，输入轴上还有一个倒档驱动齿轮，与轴是一体的。第三和第四同步器以及第五同步器也都安装在输入轴上，以确保换挡的流畅进行。

最后，输出轴上安装有一至五个从动齿轮，其中第一和第二从动齿轮通过滚针轴承套在轴上，而第三至第五从动齿轮则通过花键套在轴上。此外，第一和第二齿轮同步器安装在输出轴上，以确保齿轮之间的同步。变速器壳体的右端还设置有倒档齿轮轴，倒档中间齿轮通过滚针轴承套装在倒档齿轮轴上，以实现倒档动作的顺畅完成。