车辆 ECU 升级的缺点包括以下几点：

1. 4S 店会拒绝保修。如果进行了 ECU 改装，车辆的保修可能会被拒绝。

2. 过度改装可能会超出车辆的承受范围，损坏硬件，导致变速器爆档、变速器爆裂、半轴被切断等问题。例如宝马 530 的自动挡波打滑，无法承受过大的扭矩。

3. 发动机工作负荷增加，使用寿命相对降低。同时，油耗略有增加。

4. 刷 ECU 后，对汽油的质量、温度的要求会变高。如果使用低质汽油，会损坏车辆。发动机会因为超频而需要更好的冷却系统，否则会影响寿命。

除此之外，ECU 升级还可能破坏整车平衡。厂家对发动机性能进行调整是为了保证车的平衡状态，单方面追求动力就可能导致需要重新更换刹车、减震器等系统，达到新的平衡，容易造成车辆损坏。因此，需要谨慎考虑是否进行 ECU 升级。