刷完ECU后，汽车对汽油的质量要求会变高。如果使用低质量的汽油，会损坏车辆。升级ECU的缺点有：
1. 选择质量好的油。
升级ECU后，最基本的参数，也是ECU必须修改的参数，就是点火提前角。原车厂因为全国各地油品不同，将点火提前角调整为适应性最广的一个。国外工程师升级ECU后，必须提前点火提前角，以达到最佳点火角。所以，问题就出来了。中国大部分地区使用无铅汽油。升级后，用97号汽油，可以将升级后的ECU发动机带入最佳状态。
2. 对于乙醇汽油的使用。
相反，目前国内部分城市使用的是乙醇汽油，具有易燃、燃烧过程短的特点。适当延迟点火会让乙醇汽油燃烧更充分，再升级ECU会提前点火，会造成发动机爆震无力，长期使用会损坏发动机。但如果无铅汽油则相反，适当提前会使发动机内的混合气燃烧更充分，减少积碳，延长发动机寿命。因此，项峻在使用乙醇汽油的地区改装汽车，但现在拒绝为它们升级ECU。目前东北三省都是乙醇汽油，很多ECU升级公司都大力推广。想用乙醇汽油的车主要三思而后行。
3. 程序合适性。
升级后的ECU程序要合适，否则对发动机寿命会有所影响。升级ECU动力程序是专业的事情，不仅仅是喷油时刻和混合气的调整。调整不理想会导致故障灯点亮，动力输出不平衡，甚至直接影响发动机寿命。
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