本田飞度气门的调整方法如下：

1. 采用两种调整方法，第一种是将一个气缸的活塞置于压缩终点，然后可以调整该气缸的进排气门；

2. 按照“三排两个”的原则，即2缸的进气门和3缸的排气门必须完全关闭，也可以检查调整；

3. 对于连杆轴径在同一平面的两个气缸，一次只能调整一对气门，所以此时也可以检查调整五个气缸的排气门和四个气缸的进气门；

4. 将飞轮转动360度，使六缸活塞处于压缩末期，其余未检查调整的气门将完全关闭；

因此，可以通过转动曲轴两次来检查和调整发动机的所有气门。